这是一个很复杂的问题，
只能简单讲讲了，
1、io口的区别。如工业场合需要的特殊总线，如串口，can总线等，一块工业主板上基至有十个串口，还有一些点屏的lvds等
2、板型不同。为了适应各个环境，主板的大小还是有一定的区别，还有专门为特殊应用设定的板型，如3.5寸板、5寸板等。
3、板载cpu和内存等。抗震。
工业主板就是为了工业环境的特殊应用而设计出的主板，性能低于商业主板，以稳定性，和易维护性见长！
工业主板的典型环境，如下；
工作湿度：范围可达非凝露0~95%
电磁辐射：强电磁干扰环境，自身辐射控制
以上这些环境下是商用主板无法胜任。
研为工业主板yw- am9277
主要应用
主要应用：工业设备，gps导航、污水在线监控、空气在线监测、仪器仪表，专业设备控制器，政府机关、电信、银行、电力、车载液晶，监视器，可视门铃，便携dvd，液晶电视、环保设备等
商业主板目前主要采用atx架构，但是工业主板为了适应多种应用环境，采用了多种尺寸规格的主板。包括atx、micro-atx、lpx、.、picmg、etx、cpci等各种规格。
2、扩展槽的支持
商业主板，往往只能提供4-5根的pci插槽。同时使用4根时驱动能力有相当大的衰减，因此大多数商用主板仅提供3根pci槽。而工业主板，由于其设计用料的工业性，其对pci插槽的支持可以轻而易举的实现对5根pci的支持，同时不会造成pci驱动能力的衰减。同时可以支持对高带宽的pci-x设备。带有isa插槽，可以实现对工业isa低速采集卡，数据卡的良好支持。嵌入gpio总线，可以实现gpi，gpo功能。
3、使用的元器件
商业主板由于追求的产品的时效性，以及本身产品的市场定位，对元器件选择要求上一般只需满足的系统运行要求。工业主板需要高要求验证元器件，用以保证产品在恶劣条件下高可靠性要求。
4、使用环境
工业主板常在恶劣环境下工作（工作时间长、气候恶劣、潮湿、振动、多尘、辐射、高温等），而这些环境商业主板无法胜任。
5、使用周期
由于商业主板更新换代的速度快，所以一般的商业级主板只有2到3的使用周期。而工业主板可达到5年的使用周期。
6、产品的可靠性
基于市场定位，商业主板一般只有ccc认证、民用级的电磁兼容认证。工业主板由于工业市场对可靠性的要求，在每一款主板在上市前都会做ce emc、fcc、qa realbility等工业级要求测试认证。
[工业主板]
7、管理性
商业主板只提供最简单的远程管理。而工业主板除了可以提供类似的远程连接管理外，还可以实现远程无人值守的自动开关机功能。通过内嵌的ipmb，smnp-1000模块，可以实现系统实时运行信息的管理、记录、发送功能。
8、客制化
普通的商业主板一但生产出来就无法再针对市场需求更改，完全无客制化的设计。而工业主板可以灵活的满足客户后续的特殊需求，实现客制化，更好、更完美配合客户的使用需求环境。
9、保护功能
此项功能，普通的商业主板是没有提供的。工业主板通过特殊设计，可以实现watch dog功能，防浪涌冲击的功能，保证系统在恶劣环境的高稳定性要求。
10、工作温度
普通的商用主板工作温度范围在5℃~38℃之间，而采用宽温设计的工业主板，工作温度范围可达-20℃~70℃。
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