现如今大多数企业都还在使用传统的职能式管理模式，这种金字塔式的组织架构一旦确定，将会在长期保持不变，组织架构稳定且僵化。时代在不断发展，该模式的缺陷也日渐暴露：高层领导们由于陷入了日常生产经营活动，行政机构越来越庞大，各个部门横向联系薄弱，各部门协调越来越难，各个职能的成员注重部门目标而不是企业的整体目标，使工作效率受到影响。
与传统的金字塔式的组织架构不同，阿米巴的组织架构却是自下往上的蜂巢图，由许多个“阿米巴”构成企业的组织基础，每个阿米巴都是一个独立的小组织。各个阿米巴组织进行独立核算、自主经营。阿米巴组织架构打破原有的部门界限，绕过原来的中间管理层次，直接面对顾客和向公司总体目标负责，以群体和协作的优势赢得市场主导地位。从而达到使阿米巴组织变得灵活，敏捷，富有柔性、创造性的目的。
与通常的行政组织架构相比，阿米巴组织的规模普遍较小，灵活多变，不用担心朝令夕改的命令会伤筋动骨。中国很多中小型企业与阿米巴有极大的相似性，非常适宜于引入阿米巴经营模式。
阿米巴组织是以工作流程为中心而不是部门职能来构建组织结构。由于组织架构得到了细分，最基层的阿米巴组织也能够最大限度地发挥公司整体的能量。
阿米巴组织划分都必须符合以下基本条件：
（1）阿米巴组织收入来源明确
阿米巴组织的收入和费用必须清晰，阿米巴组织必须是一个可以独立核算的单位。为获取这些收入而产生的支出能够清晰计算。
如：一般中小企业职能部门由于没有对外进行销售的业务，因此不能作为一个阿米巴组织独立出来；但对于大型企业集团，其有些职能部门，如企业大学培训部，既为企业内部提供培训服务，同时以其独特专业优势也为外部提供服务，就可以划分为阿米巴组织。
（2）以企业整体效益为前提，能够贯彻企业发展战略和经营方针
如：一家企业有两个项目，其中一个是新项目，已经进行了初期投资。这时新项目尚不能划分成阿米巴单元进行独立核算，因为此时除了公司总经理外，没有其他的人能对此项目负责，还不能完全贯彻公司发展战略和经营方针。
（3）阿米巴组织产出明确，具备独立完成某项业务的能力，能够独立完成业务
如：销售流程一般都是客户信息收集、需求了解、标书制作、投标公关、工程服务、收款，整个过程紧密相关联，如果不能独立完成业务，就不能将其项目下属的每个单位都划分成阿米巴组织。
阿米巴组织划分，必须先抛开“行政组织架构”的固有观念。
每个阿米巴组织都应该为“利润”负责，而不是只对“动作”负责，只有将经营压力释放到每个阿米巴组织之中，才能真正培养具有经营意识的人才。
划分阿米巴的依据，我们主要关注两点：
1.阿米巴组织要形成独立的经营核算表，经营核算表是阿米巴经营落地的重要工具。
阿米巴经营核算表包括阿米巴组织的收支情况，可以让阿米巴“巴长”一目了然地了解阿米巴每小时产出多少附加价值。阿米巴经营核算表的设计需要切合企业的产品特性，确保经营核算表记录的数据精确性，才能从数据中真实地反映经营情况。
2.要选出“阿米巴”巴长。“阿米巴”的巴长需要具备经营意识与经营能力两方面的条件，经营意识是指巴长只对经营结果负责，付出不亚于任何人的努力；经营能力指能够将一个抽象目标逐渐分解到日常的工作行为中。
正确划分阿米巴组织，首先要明确阿米巴组织划分的目的。
阿米巴组织划分的目的包括四个方面：
1）看清企业实际状况；
2）内部传递市场压力，实现内部竞争；
3）达成全员参与的经营；
4）快速大量培养经营管理人才。
其次，要正确划分阿米巴组织，必须以设置正确的企业组织结构为起点。设置好正确的组织结构之后，就是阿米巴组织的划分了。
阿米巴组织划分首先必须遵守两大基本原则：
1）能够贯彻经营者意志；
2）适当性原则，阿米巴组织划分也非越细越好。
其次，还要满足三大划分前提条件：
1）能够独立经营核算；
2）能够执行公司发展战略与经营方针；
3）是一个能够独立完成业务的单位。
企业的任何一个部门、单位都可以划分阿米巴组织。
阿米巴组织一般适用于规模较大、产品种类较多、工作差别较大、技术比较复杂和市场广阔多变的企业。
对阿米巴组织的策划我们要高瞻远瞩，实施要脚踏实地。企业家需要牢记非常重要的两个要点，第一是战略思考，也就是发展思考；第二是组织变革。
阿米巴组织划分的四个维度分别是：产品、地域、客户和价值链。根据阿米巴组织划分的四个维度，有利于企业家们解决只按照行政架构划分的困惑。
根据总部与阿米巴的价值定位，确立相应职责和权力。如宝洁公司按产品类别划分事业部；麦当劳公司按区域成立事业部；一些银行则按顾客类型为依据来划分事业部等。
阿米巴经营的一大经营原则是“以人心为本”，企业在追求利益的同时重视员工的幸福感和培养有经营意识的人才，调动员工的积极性，实现“人人都是经营者”。
这需要企业给予一定的支持和权力，才能让员工感到重视，与企业站在同一阵线一起成长，从而在阿米巴之间形成良性竞争。
企业全体员工经过组织划分后，由于责任细化，他们会萌生一种经营自家企业的意识，工作更加积极主动，从而在公司中传递源源不断的正能量。
阿米巴经营模式是一个能根据市场及时调整的组织模式。阿米巴组织作为一个核算单位，是一个拥有明确的志向和目标，持续自主成长的组织。阿米巴采取自主经营，独立核算制，当经济状况、市场、技术动向、竞争对手等发生急剧变化时，企业需要灵活地调整阿米巴组织，迅速做出应对。
根据市场环境变化进行调整
阿米巴组织结构图是对阿米巴动态的组织结构变化进行静态的描述。这里所说的动态是相对的，通常阿米巴组织确定以后，组织结构肯定要稳定一段时间。这时候要对阿米巴组织结构静态描述，即用一张表格或者一张图标明管理层次组织结构，作为阿米巴组织结构设计的一个规范化管理文件。阿米巴经营的组织结构呈现的是立体网状结构，结构内充满不同形态的阿米巴小组。
企业身处的环境时刻在发生变化，企业可根据市场变化和竞争对手的动态，建立符合当时情况的最优化组织结构。企业必须时刻检查本公司的发展战略和现在的阿米巴组织是否适应当前事业所处的环境。
市场是企业赖以生存和发展的空间，市场的变化是决定企业兴衰走向的首要条件。因此，企业要跟着市场变化，时刻调整阿米巴组织结构，也即企业要走在市场的前面。在全球市场激烈的竞争中，只有在市场上领先对手的企业才能立于不败之地。
市场和客户改变了，阿米巴组织也要跟着变，而且这种改变要在市场变化之前完成。实践证明，企业要时刻根据市场变化调整阿米巴组织结构，才能获得长远发展。
任何部门都可以划分阿米巴
企业的任何一个部门、单位都可以划分阿米巴组织。工厂、车间中的最小基层组织也就是最小的工作单位，一个部门、一条生产线，一个班组都可以划分阿米巴组织。在企业中，每人都从属于自己的阿米巴组织，每个阿米巴组织根据工作内容分配的不同而规划阿米巴组织的人数。每个阿米巴组织都是一个独立的利润中心，就像一个中小企业那样进行生产、经营活动。虽然发展战略需要经过上级领导的同意，但是经营计划，业绩管理，人力资源管理等所有经营活动都由他们自行运作，每个阿米巴组织都集生产、会计、经营于一体，再加上各个阿米巴组织之间能够根据市场需求进行组建与解体，这样就能让公司对市场的变化做出迅捷反应。
阿米巴组织因为独立核算、自主经营，需要进行成本管理，阿米巴领导人千方百计地降低成本，以最少费用完成订单，以最少的费用创造最大的价值，从而实现附加值的最大化。通过这个过程，阿米巴组织成为一个不断挑战最佳业绩的创业团队。
在传统的企业成本管理体系中，其主角是产品，焦点在于一个产品每道工序的成本；而在阿米巴经营中，主角是以最低成本换取最大利润的阿米巴经营团队，焦点在于阿米巴组织创造的附加值。
通过单位时间核算制度公式，使各个阿米巴组织甚至某个人的经营业绩变得清晰透明。阿米巴经营是一种全员参与型的经营体系，每位员工都要充分掌握自己所属的阿米巴经营目标，在各自岗位上为达到目标而不懈努力，在工作当中实现自我价值。公司会按月公布各阿米巴组织每单位时间内的附加价值，各个阿米巴组织当月的经营状况，每个组员所创造的利润及其占公司总利润的百分比等，都一目了然。
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