皇岗口岸作为深圳中部的客货运综合口岸，原设计旅客通关能力是5万人次/日，但2015年日均旅客流量达8万人次。根据市政府要求，市口岸办在2015年启动皇岗口岸整体重建，按照目前方案，重建时将取消货检功能，旅检口岸初步考虑旅客通关流量30万人次/日，车辆通关流量1.7万车次/日。与此同时，从1985年起就投入使用，如今旅检楼已构成危房的沙头角口岸，重建工作也已列入深圳市2016年政府投资项目计划，已获市人大审议通过，工程可行性研究和初步设计将马上开展。
除了口岸重建，一直以来因交通拥堵而备受诟病的福田口岸、深圳湾口岸也将启动周边交通配套改造。任国明表示，目前地铁10号线福田口岸站西广场建设正在规划建设，建成后将成为集口岸交通枢纽和查验服务于一体的综合楼，解决公交车、的士及旅游巴士接驳场地和旅客乘车难问题；此外口岸办还计划在福田口岸东广场建设立体式多层停车场，目前已拟定初步方案报批。深圳湾口岸则对现状公交接驳区、AB停车场、科苑路进行改造，并拟将地铁13号线引入深圳湾口岸。届时，两个口岸拥堵现状都将得到缓解。
莲塘口岸将采用“两地两检”
任国明透露，截至2015年年底，莲塘口岸已累