1、国内酵素行业处于发展初期，市场尚不规范
酵素起源于日本，酵素产业在台湾、日本及欧美地区发展成熟，在国内属于“舶来品”。国内消费者最初接触酵素从海外代购开始，目前从国外代购仍是酵素的主要消费模式。国内企业于近几年才开始生产酵素，绝大多数企业的生产技术来源于台湾和日本，行业起步较晚，尚未形成市场规模。目前，国内尚无针对酵素产品的任何标准，由于没有统一的产品生产标准和质量标准，部分商家在产品中添加其他成分，很多产品无限夸大产品功效误导消费者，产品质量难以保障，市场较混乱。
2、行业研究水平薄弱，技术水平参差不齐
酵素在国内尚属于新兴行业，从事酵素研究的科研人才较少，酵素产品的基础研究薄弱，缺少理论支撑，对产品成分和功效研究相对滞后。酵素行业存在较高的技术门槛。国内研发实力强、生产水平高的酵素生产企业少，多数酵素生产企业存在生产技术不规范、规模小的特点，行业整体技术水平参差不齐。
3、具有民族特色的酵素产品正占据一席之地
尽管国内酵素行业起步晚，但具有民族特色的药食同源酵素发展势头较好。“药食同源”目前还没有统一的定义，通常是指许多中药材既是药品又是食品，它们之间并无绝对的