按照港珠澳大桥原设计计划，通车初期日均车流量为9,200至14,000车次，但目前日均行车量仅1,202车次，即只实现政府原计划的8%至13%，被社会戏称为“最荒凉的大桥”。
针对车流量小的问题，省交管局回复表示，为贴合港澳市民的出行习惯，同时考虑到两地的交通情况，故港澳两地协商，暂时限制港澳两地车牌指标配额，现有车流量仍在可控范围内，港澳两地相关部门会密切关注，根据市民的出行需求协商增加港澳两地车牌指标配额数量。
现在，即使有幸获得两地车牌指标，但两地车牌车辆每年延期手续繁杂，车主办理车牌延期需分别到3个地区的3个办事处，包括在香港办理验车、到广州办理批文延期、再到深圳梅林海关办理验车，全流程费时效率低，可设置至统一地方办理。另外，内地车险只能在指定少数几个指定的保险公司购买，市场相对封闭垄断，费用较高。
此外，澳门政府公报刊登行政长官批示，确认修改《港珠澳大桥边检大楼东停车场的使用及经营规章》条文，由最少需提前12小时预约停车，改为可于停车时段开始前6小时预约，措施于4月1日起正式推行。
据澳门官方公布数据，大楼东停车场设计共有6层，包括地下室1层及地上5层，专供外来