《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条规定，使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。
《中华人民共和国发票管理办法》三十六条规定，跨规定的使用区域携带、邮寄、运输空白发票，以及携带、邮寄或者运输空白发票出入境的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。
丢失发票或者擅自损毁发票的，依照前款规定处罚。
《关于被盗、丢失增值税专用发票有关问题的公告》（国家税务总局公告[2016]50号），决定取消纳税人的增值税专用发票发生被盗、丢失时必须统一在《中国税务报》上刊登“遗失声明”的规定；因此，不需要在指定的中国税务报登报！也不需要报案。
建议：在发现发票丢失当日书面报告税务机关；在有正式刊号的报刊上刊登遗失声明；接受罚款。
办理发票挂失损毁报告一般应提供的材料：《发票挂失/损毁报告表》、刊登遗失声明的版面原件和复印件。
一、增值税专用发票丢失的处理
根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)第三条规定进行处理：
“一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》(附件1、2，以下统称《证明单》)，作为增值税进项税额的抵扣凭证;如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。”
二、机动车销售发票丢失的处理
《国家税务总局关于消费者丢失机动车销售发票处理问题的批复》（国税函〔2006〕227号）规定，鉴于车主申报缴纳车辆购置税时需要报送《机动车销售统一发票》（报税联），办理机动车登记时需要报送《机动车销售统一发票》（注册登记联），因此，当消费者丢失机动车销售发票后，可采取重新补开机动车销售发票的方法解决。具体程序为：
（1）丢失机动车销售发票的消费者到机动车销售单位取得销售统一发票存根联复印件（加盖销售单位发票专用章或财务专用章）；
（2）到机动车销售方所在地主管税务机关盖章确认并登记备案；
（3）由机动车销售单位重新开具与原销售发票存根联内容一致的机动车销售发票。消费者凭重新开具的机动车销售发票办理相关手续。
三、丢失普通发票的处理
除了报告、登报、罚款外，各地规定略有不同。
各地的执行口径有区别，以下地方政策供参考，具体建议咨询主管税务机关的意见：
《四川省国家税务局关于普通发票管理中若干具体问题的公告》（四川省国家税务局公告2012年第11号）第四条关于丢失发票作废申明规定，我省国税系统管辖的纳税人发生发票遗失和被盗等丢失情形时，必须选择在市州级以上（含市州级）正式发行的报纸上刊登作废声明，并在向主管国税机关书面报告后的7个工作日内，向主管国税机关补充提供已登报申明作废的证明等资料。
空白发票不涉及账务处理，收入或费用的确认问题，只要按照上述程序处理即可。而增值税专票和普票还涉及到记账和税务处理问题。
《河北省国家税务局关于印发〈增值税普通发票管理办法（试行）〉的通知》（冀国税发[2007]156号）第十七条规定，对丢失已开具的增值税普通发票，购买方可凭销售方主管国税机关开具的《丢失增值税普通发票已报税证明单》和记账联复印件到购买方主管国税机关验证相符后，凭记账联复印件及《验证结果通知书》作为记账凭证。
《陕西省国家税务局关于发布的公告》（陕西省国家税务局公告2014年第17号）规定，对丢失已开具发票的纳税人，向主管税务机关备案后，视情节给予相应处罚，开具红字发票对已丢失发票进行冲销，在红字发票票面注明已丢失发票的发票代码和号码，再重新补开发票。对丢失已接收发票的纳税人，经主管税务机关核实后，根据需要向纳税人出具丢失证明，纳税人持此证明向对方单位重新索取发票。
《山东省国家税务局关于发布的公告》（山东省国家税务局公告2014年第7号）第十九条规定，已开具发票的发票联遗失的，应按以下规定处理：
（一）开票方丢失发票联的，应于发现丢失当日书面报告主管国税机关，在县级以上报刊登报声明作废、接受行政处罚后，作废该份发票或开具相应红字发票，并重新开具发票给受票方。
（二）受票方丢失发票联的，可持县级以上报刊刊登的作废声明和主管国税机关的行政处罚决定书，向开票方请求重新开具发票。开票方据此开具红字发票后，为其重新开具发票。
辽宁省：依据辽宁省的文件规定，普通发票开具后丢失的，在取得丢失发票存根联复印件并加盖开票单位的财务专用章或发票专用章和丢失发票开具单位主管税务机关的证明后，允许入账。
四、会计处理建议
开具发票一方丢失已填开的发票联，应重新开具发票交对方入账。重新开具发票时，应在备注栏填写丢失发票的客户名称、发票种类代码和号码、金额，开票单位。开具发票方记账时附上丢失发票的其他联次作为合法入账凭证。
取得发票一方丢失已填开的发票联，应取得原签发单位盖有公章的证明，并注明原来发票的号码、金额和内容等、由经办单位负责人批准后，才能代做原始凭证。
发票存根联或者记账联的复印件只能作为原始凭证的附件，不能直接代做原始凭证。发票复印件经提供原件的单位注明：此件是我单位提供，与原件相符。加盖公章后，方可作为原始凭据。
纳税人将在税务机关代开发票的发票联或者记账联丢失，可以向开具发票的税务机关申请出具曾于某年某月某日开具某发票，说明取得发票单位名称、购货或服务的单位数量、单价、规格、大小写金额、发票字规、发票编码、发票号码等书面证明，或要求开具发票税务机关提供所丢失发票的存根联复印件，经主管税务机关审核后，可作为合法凭据入账。
纳税人丢失发票存根联或者记账联的，应取得发票联的复印件，发票复印件经提供原件的单位注明：此件是我单位提供，与原件相符。加盖公章后，方可作为原始凭据。