《国务院关于支持赣南等原中央苏区振兴发展的若干意见》明确指出：在赣州出口加工区的基础上按程序申请设立赣州综合保税区，建设成为内陆开放型经济示范区。2012年8月，赣州市人民政府将《关于在赣州出口加工区基础上建立赣州综合保税区的请示》上报省政府，历时1年4个月，赣州综合保税区获国务院批复设立，这意味着省内综合保税区实现“零突破”，也意味着赣南首个国家级出口加工区再度升级，赣州就此全面进入具有口岸服务功能的“港口时代”。
根据国务院批复,赣州综合保税区规划面积为4平方公里,选址位于赣州开发区辖区内。赣州综合保税区将与赣州黄金机场互为依托，海关可通过开展“区港互动”监管模式，实现赣州综合保税区和机场口岸的无缝对接、深度合作，使货物在两个区域间快速、高效流转，发挥综保区保税物流和口岸功能，推动航空口岸物流跨越发展，共同打造中部乃至全国的空运物流中心枢纽，构筑赣州对外开放大平台。