海关税费涉及进口关税、增值税、消费税、滞报金、保证金等等，税费支付的方法通常有电子支付和柜台支付两种。
以支付进口关税和增值税来讲，电子支付比较方便，企业只要在中国电子口岸自己公司用户名登录后，选择对应的报关单号码就能操作（交税），交税完成后，如果是无纸报关的，把报关单（写明电子支付）交海关拉税单（2联）；如果是有纸报关的，则把一整套报关资料交到海关，走正常的清关流程（接单—拉税单—放行）就可以了，所以大多数企业都采用电子支付的方法。
与之相比，柜台支付就要麻烦一点。海关要求企业提供：
1. 柜台支付的情况说明（写明不能电子支付的原因并需盖公章）
2. 如果是无纸报关的提供报关单；如果是有纸报关的，需提供整套报关资料（不管是有纸报关或无纸报关，都要在报关单上写明柜台支付）
海关会根据以上资料接单并拉税单（6联），然后企业拿着税单去银行交税，交税完成后银行会返还第一联和第六联（都需盖银行的章），这两联需交海关核税，核税结束才能放行。
根据以往的操作经验，柜台支付比电子支付所花的时间一般要多一个工作日，所以建议大家，税费支付还是采用电子支付的方式。