财务比率分析是财务报表分析中应用最为广泛的方法，但实际操作过程中，由于受各种因素的影响，财务比率分析存在一定的局限性。
1，财务报表本身带来的局限性
在正常情况下，财务报表都是按照历史成本原则编制的，会计资料的真实性和缺陷与否会对财务比率分析的正确性产生重要影响，由于通货膨胀的影响，企业的价值减少，偿债能力下降，风险能力下降，风险增加，必将导致分析结果与实际情况相差甚远。
财务报表中受数据时效性不强和信息量的限制，财务比率分析不能及时，全面地反映企业的财务状况，如将其用于预测未来的趋势，则只有参考价值，而不能全面，准确地反映企业的经营状况和财务成果。
财务报表中数据的可靠性直接影响着财务分析的效果，分析比率是根据财务报表数据计算出来的，如果一个企业为了使财务报表显示出良好的财务状况，在会计核算方法上采取其他手段来粉饰自己的经营业绩，势必产生“假报表，假分析”的弊端。
2，会计处理方法及分析方法带来局限性
会计处理方法的变更或不同产生的数据差别，对财务比率分析有着直接的影响，如固定资产采用直线折旧法或采用加速折旧法，计入成本和费用的折旧费就会不同，企业长期投资采用成本法或采用权益法所确认的投资收益也不一样，因此，如果企业前后时期会计处理方法的改变，会对财务报表信息产生重要影响，同样，不同企业由于对同一事项采用的会计处理方法不同，数据可比性也会降低。
报表使用者分析方法的不当，也会给财务比率分析带来不同程度的影响，如对于应收账款周转率，存货周转率中平均余额的计算，报表使用者可能会由于数据的限制或由于贪图计算的便捷，往往用年初与年末数进行平均，这对于在会计年度内各月各季度均衡的企业尚可，但对于季节性经营的企业或各月变动情况较大的企业而言，则可能不适应，这必然会影响比率分析结果的准确性。
3，财务比率分析方法本身存在的局限性
同一企业可能会有一些比率好而有一些比率则很差，如果仅凭比率分析结果，就很难判断这一企业的财务状况是好还是坏，比例值的好坏并没有一般性的标准予以判断，如一个高的流动比率，可能表示资产变现性很好，但若是由于拥有过量的现金所致，则可能意味着企业的长期获利能力不强，同样存货周转率很高可能表示存货的周转效率很高，但也有可能因存货的利用过快而造成存货短缺的情况，
财务比率数值的变动会受到组成比率项目变动的影响，其中一个项目变动，比率会跟随变动，因此，考察财务比率各组成项目的变动比考察财务比率本身更有意义。
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