按照国家税务总局统一部署，国地税将于2016年10月8日正式上线金税三期系统。作为税务部门核心征管系统，金税三期上线虽然只是系统的切换，不涉及税收法律法规的调整，但仍有部分办税事项的操作发生一定变化，今天就让我们来了解一下国税纳税人需要知道的操作变化。
金税三期上线前，有部分纳税人会先进行纳税申报再进行税控报税。
金税三期上线后，纳税人必须先进行税控报税再进行纳税申报。
1、一般纳税人增值税申报的操作差异
（1）一般纳税人申报必报表由原先一张主表两张附表，增加为一张主表五张附表：必须全部填报才可完成提交。
（2）附表二中第2行本期认证相符且本期申报抵扣栏灰化，这一行的数据由系统根据以下公式自动计算结果带出：“第35行本期认证相符的增值税专用发票-第26行本期认证相符且本期未申报抵扣=第2行本期认证相符且本期申报抵扣”。与原先相比，由先填写第2行改为先填写第35行；
具体表样如下图：
（3）附表二中发票份数栏原先不设置监控，金三上线后必须填列非负整数；
（4）增值税减免税申报明细表中免税额栏，根据系统默认税率自动计算带出，原先不可修改，金三上线后，如您发现错误可自行修改。
2、小规模纳税人增值税申报的操作差异
按季度申报的增值税小规模纳税人在季度中间转一般纳税人，需按实际经营月份进行小规模申报，金税三期上线后的操作方式是：
按季度申报的增值税小规模纳税人，若在季度中间申请一般纳税人登记，税务机关在办理一般纳税人登记的同时，会新增一条一般纳税人的税种登记。该纳税人则需要就一般纳税人登记前的月份按照小规模纳税人要求进行季度申报，可以按实际月份累计销售额适用免征增值税的优惠。例如某小规模纳税人2016年8月末来办理一般纳税人登记，一般纳税人有效期从9月1日起。那么该纳税人就需要将7月和8月累计数据合并做季度申报，若两个月累计不含税销售额低于6万元就可以享受增值税免税优惠。
3、消费税申报的操作差异
（1）酒类消费税纳税人填报《酒类应税消费品消费税纳税申报表》中的附表1《本期准予抵减（扣）税额计算表》时，不再报送《当期进口葡萄酒明细表》；
（2）卷烟消费税纳税人申报时，新增《各牌号规格卷烟消费税计税价格》（仅适用于中烟集团）。卷烟企业在填写该表前，需完成卷烟消费税最低计税价格核定工作。
4、企业所得税申报的操作差异
（1）所得税预缴申报表第14行特定业务预缴（征）所得税额，原先是系统自动带出，金三上线后需纳税人自行填写。
如下图所示
表一
（2）总机构纳税人所得税预缴申报表分配表中分支机构情况下的纳税人识别号、纳税人名称从系统带出，不可修改。如需修改，请您到办税服务厅办理变更手续；
如下图所示
表二
（3）所得税预缴申报表中附表一、附表三中本期金额和累计金额填写顺序发生变化，金三上线后需先填写本期金额，然后生成累计金额，请您务必注意本期金额填写准确；
如下图所示
表三
（4）所得税预缴申报时增加报表《参股外国企业信息报告表》，适用于当期有境外投资或境外投资相关信息有变化的纳税人。
这张报表的增加是依据了《国家税务总局关于居民企业报告境外投资和所得信息有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第38号)的规定：“ 一、居民企业成立或参股外国企业，或者处置已持有的外国企业股份或有表决权股份，符合以下情形之一，且按照中国会计制度可确认的，应当在办理企业所得税预缴申报时向主管税务机关填报《居民企业参股外国企业信息报告表》
5、申报注意事项提醒
在网上申报时，请您认真核实相关基础数据信息是否准确，包括“申报表类型、预缴税款及其他自动带出的各类数据”。
1、注销税务登记
注销税务登记继续实行预受理，纳税人到税务机关申请办理注销税务登记时，存在风险应对情形的，需要在风险应对办结后，税务机关才会进行税务登记注销的正式受理及核准。
2、一般纳税人辅导期管理
根据《增值税一般纳税人纳税辅导期管理办法》除了新认定为一般纳税人的小型商贸批发企业需要进行一般纳税人辅导期管理，还有总局规定的“其他一般纳税人”也需进行6个月的辅导期管理，“其他一般纳税人”是指具有下列情形之一的一般纳税人：
1.增值税偷税数额占应纳税额的10%以上并且偷税数额在10万元以上的；
2.骗取出口退税的；
3.虚开增值税扣税凭证的；
4.国家税务总局规定的其他情形。
为了完善“其他一般纳税人”辅导期管理程序，金三上线后，对“其他一般纳税人”，主管税务机关将自稽查部门作出《税务稽查处理决定书》后40个工作日内，制作、送达《税务事项通知书》告知纳税人对其实行纳税辅导期管理，纳税辅导期自主管税务机关制作《税务事项通知书》的次月起计算。
1、非居民合同项目备案
（1）非居民合同项目“逾期备案”监控变化
根据规定：扣缴义务人发生与非居民企业相关的事项，需在合同签订之日起30日内，向其主管税务机关报送《扣缴企业所得税合同备案登记表》或《境内机构和个人发包工程作业或劳务项目报告表》、合同复印件及相关资料。
金三上线后，系统加强对以上备案的监控，纳税人务必认真填写备案表“合同签约日期”、“支付款项日期”，避免因错填导致触发“税收（规费）违法行为处理”流程；通过网上办理的，纳税人在填写过程中也要注意上述日期。逾期备案的，税务机关将依据相关法律、法规进行处罚，并纳入信用等级管理。
（2）非居民合同项目备案中的“合同支付项目”由原先的31个归并为金三上线后的18个，请您备案时从这18个支付项目中准确选择。
原支付项目
现支付项目
1
承包工程
建筑安装
调试
承包工程
修理修配
交通运输
设计
监督管理
培训
仓储租赁
咨询经纪
设计
检测
认证
广告制作发布
文化体育
技术服务
教育培训
质检
代理
加工修理修配
娱乐
旅游
其他
维修保养
装修装饰
审计
保险
咨询
国际运输
文体演出（娱乐）
市场咨询费
售后服务费
旅游
仓储租赁
技术服务
其他劳务项目
2
股息红利所得
利息所得
特许权使用费所得
股息红利
利息所得
特许权使用费所得
不动产租金
其他预提所得税
不动产租金
其他所得
3
股权转让所得（被转让方备案）
转让财产所得
股权转让所得（转让方备案）
其他财产转让所得