增值税是以商品（含应税劳务）在流转过程中产生的增值额作为计税依据而征收的流转税。从计税原理上说，增值税征税对象是商品生产、流通、劳务服务中多个环节的新增价值或商品的附加值。增值税一般纳税人适用一般计税方法的，用当期销项税额抵减当期进项税额后的余额为当期应纳税额。进项税额，是指纳税人购进货物或者接受加工、修理修配劳务或者购进服务、无形资产或者不动产，支付或者负担的增值税税额。当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，留抵的进项税额一般不予退税，而是结转下期继续抵扣。这种只留抵不退税的政策无疑会挤占企业资金，给企业流动资金造成一定影响。
企业留抵税款过多存在的弊端
随着“营改增”全面推开后，增值税留抵税款不退弊端愈加明显，不少企业和地方对此反映强烈。“留抵税款不退对高科技重资产企业有非常大的负面影响，当企业在销项还没有实现的时候，对于设备购进要征17%的预缴税款，对于厂房投资要征11%的预缴税款，这个预缴税款的比重相当大。所以现在很多高科技重资产企业在投资中呼吁解决这个问题。
在当前增值税税率多档并存的情况下，增值税留抵税款在“高进、低销”行业和初创期企业普遍存在，且数额较大。企业在还没有销售取得收入，就要为投入设备、原料赋税，这大量占用了企业资金，制约了创业企业发展。营改增全面推开后留抵税款增速高于经济增速和税收增速，若不尽早解决，对未来政府收支平衡将带来比较大风险，而企业因为预缴税款也加重了负担。
我国实行全面留抵税额退税政策的现实困境
一、造成财政资金的暂时性短缺
《增值税暂行条例》第四条规定：增值税应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额的余额。当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。一般而言，对于高新技术企业和初创型企业而言，前期会产生较大的进项，而销项税额较少，这样就会留下大量的进项税额无法抵扣，也就相当于国家占用了大量企业的资金，对企业的生产经营的运转造成一定的资金困扰。但是，一旦将进项留抵税款当期予以退税，就相当于企业提前支走了这部分未来应予抵扣的税款，造成财政资金的暂时性短缺。
二、增加增值税发票虚开风险
在有进项税额留抵的情况下，企业少开票不开票冲动不强，如果可退留抵税款，企业隐瞒收入可能性就会增强，这实际上影响的是增值税链条的延续和完整。此外，这还可能带来虚开发票的问题，上游企业开票走逃后，下游企业取得增值税发票抵扣联还能享受到退税的优惠，无疑会造成国家增值税款的大量流失，进一步扰乱了税收秩序。
另外，在增值税税率多档次并存情况下，退税存在一些不合理情况。对企业征税时，中央与地方已经分成，退税时如何操作并没有具体准则；本地企业从外地购进货物，如何让当地政府拿钱退给非本地企业等现实问题都亟待解决。
我国实行留抵退税政策实操上的可行性
我国虽未实现全面的增值税留抵税额退税制度，但已经开始在一些行业和领域内实行留抵税额退税的政策。2018年3月28日的国务院常务会议上决定，从今年5月1日起，对装备制造等先进制造业、研发等现代服务业符合条件的企业和电网企业在一定时期内未抵扣完的进项税额予以一次性退还。
另外，《财政部国家税务总局关于大型客机和新支线飞机增值税政策的通知》(财税〔2016〕141号)第一条规定，对纳税人从事大型客机、大型客机发动机研制项目而形成的增值税期末留抵税额予以退税。第二条规定，对纳税人生产新支线飞机暂减按5%征收增值税，并对其生产销售新支线飞机而形成的增值税期末留抵税额予以退还；
《财政部 国家税务总局关于退还集成电路企业采购设备增值税期末留抵税额的通知》(财税〔2011〕107号)规定，为解决集成电路重大项目企业采购设备引起的增值税进项税额占用资金问题，决定对其因购进设备形成的增值税期末留抵税额予以退还；《财政部 国家税务总局关于利用石脑油和燃料油生产乙烯芳烃类产品有关增值税政策的通知》(财税〔2014〕17号)规定，对外购用于生产乙烯、芳烃类化工产品的石脑油、燃料油价格中消费税部分对应的增值税额退税。
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