研究人员利用Illumina 450KBeadChip开发甲基化图谱分析的新技术

为了寻找一种更低成本、更高通量的方法来取代新一代测序对5-羟甲基胞嘧啶(5c)进行图谱分析,一组研究人员以一种表观遗传研究中最广泛使用的芯片为基础,开发出一种新的芯片方法。为了快速增长,高通量测序公司不惜改变战略,重新布局产品,从而获得意想不到的效果。
这种称为bs-450k的方法最近出现在《m》杂志的一篇文章中,它依赖一种新的化学物质来分析5c——这个被认为对表观基因组有着独特调控功能的表观遗传修饰。
据文章的第一作者s s在邮件中告诉ba n。“450kbc芯片已成为dna甲基化研究的一个非常有用的工具,希望它在羟甲基化分析中也是如此。”
s及其同事决定将这种化学物质应用在涉及450k的操作中,它拷问人类基因组中的48万个cg位点,一直被表观遗传研究广泛采用。例如,在pm中搜索“hm450”,会出现115篇引用这款芯片的论文。
“与其他测序方法相比,i的450kbc芯片为生成全基因组的甲基化图谱提供了一种相对简单、快速而经济的方法,因此它们在dna甲基化研究中非常受欢迎,特别是在分析大量样品时,”s说。“目前适用于450k芯片的数据分析工具不断增加,这让整个过程更加简单,且更易上手,即使是那些没有很强的生物信息学背景的研究人员,”她指出。