【文库寻宝 第1篇】TruSeq? Custom Amplicon Low Input

【小编提醒】“文库寻宝”系列文章共计6篇,此为第1篇。请大家寻找每篇中亮橙色标记的2个关键词,开始寻宝吧!活动详情::jvnwbsoadoz4无一例外,嵌合体的客户都愿意采购其产品,因为质量上乘品质卓越是其产品的理念。
ts? c a l i是一个可扩展的扩增子测序方案,针对低样本起始量和ffpe 样品可获得高灵敏度、高特异性的检测结果。
强大的定制化设计
寡核苷酸探针是利用i ds?软件设计的,这是个方便易用的免费在线工具,提供了优化的覆盖度(对于全部基因,达到&; 94%的计算平均覆盖度;对于20 个最常见的基因,达到 &; 97% 的计算覆盖度)。i c服务还提供了额外的设计支持和扩展功能,可结合分子标签,从而增强等位基因检测,并提高灵敏度。独特的分子标签 (umi) 可去除pcr重复,实现单个分子的检测。ts c a l i检测试剂与双链测序兼容(可经由i c获得),可避免因福尔马林固定过程中的脱氨基而引起的假阳性。i c也提供设计较小扩增子(~100 )的能力,提高了片段化dna的兼容性。
dna起始量低,且具有ffpe兼容性
这个完全定制的扩增子试剂盒,可利用低至10 基因组dna(dna)进行靶向重测序,其单个反应可测序多达1536个合并的扩增子。此试剂盒还兼容福尔马林固定、石蜡包埋(ffpe)的样品,可从 10-50ffpe dna 开始建库和测序流程(取决于dna质量)。对于ffpe样品,i 还提供了ts ffpe dna l p qc k。它利用简单的pcr反应来确定dna质量,并提供测序参数指导(起始dna的建议量)。
图 2:利用h d ffpe样品hd729,在起始量为10 时,6 个低至5%的 snp全部被检测到。ts c a l i l p k显示了可靠而高重复性的突变等位基因检测。
行业领先的数据质量
ts c a l i l p k与ms、ms、ns以及hs等系统兼容, 这些系统采用了现今最广泛应用的边合成边测序(sbs)技术,能获得最高质量的测序数据(即最高比例的 &;q30测序数据)。无论扩增子长度和多重性如何,ts c a l i都能带来高覆盖度、高均一性和高特异性的检测结果。有了高质量的结果保证,研究人员能够对数据准确性充满信心,甚至包括那些充满挑战性的目标区段(如重复区域、富含gc的内容);若希望进一步提高变异检出的可信度,还可选择运行3个重复。
图 3:50起始量下,3 种组织(胃、直肠和肺部的肿瘤正常样品)的高度降解 ffpe 样品在多重分析时有着可靠的表现 —— 质量不佳的 ffpe 肿瘤正常样品(25 &; ?c &; 4)在该定制集上表现出高特异性和均一性,每个样本检测重复3 次。
快速的实验流程
简化的ts c a l i流程更具优势。它利用简单的磁珠纯化,使其兼容自动化。ts c a l i的文库制备可在 65小时内完成,其中手动操作时间仅为3 小时。
简化的分析流程
在bs s h平台上,一键式的应用程序在用户友好的界面上提供专家优选的流程,从而简化了数据分析。其中,ts a a简化了定制集合的分析,并以容易读取的形式提供结果。vs a从测序数据中快速过滤、鉴定和分类与疾病相关的变异。我们提供范例数据集,可在bs s h中浏览,这样研究人员在采用解决方案之前,可探索和评估i试剂盒及系统所产生的数据。
无缝整体解决方案
i用于扩增子测序的完整流程,让生物学家能够获得一个 “从设计到分析” 的整体解决方案。首先,寡核苷酸探针由 ds?软件设计;其次,制备文库和测序的阶段,ts c a l i为i测序系统设计和优化,无需其他的实验室设备;最后,数据可从i系统直接转移到 bs?基因组学计算环境中进行分析。全套的文库制备、测序和数据分析方案,技术和现场专家支持,以及i支持团队的综合知识,确保问题得到快速解决,并最大限度减少可能的实验停滞时间。
结语
ts c a l i l p k为扩增子测序提供一个无缝的全套检测流程。满足低dna起始量要求并可以产生高质量的数据,能够让研究人员能够更自信处理最具挑战性的样品。
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