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它能破坏和分解的细胞壁，并迅速扩散投入细胞内杀死病原体，可对水中污染物如氨、硫化氢、等进行降解。因此，它既可迅速及时地杀灭水中的病原微生物，又可以降低氨氮，增加溶氧量。但臭氧发生器的电耗较大，处理成本相对较高，处理后的水没有持续灭菌的功能，易遭二次污染。利用某些微生物将水体或底质沉淀物中的有机物、氨氮、亚硝态氮分解吸收，转化为有益或无害物质，从而达到水质和底质环境改良、净化的目的。
主养杂食性鱼类 杂食性鱼类一般会与淡水小龙虾在食性和生态位发生相矛盾，因此，主养杂食性鱼类的池塘是不可以套养淡水小龙虾的。主养肉食性鱼类 主要凶猛肉食性鱼类的池塘，其水质状况良好，溶氧丰富，在饲养的中后期，由于主养的鱼类鱼体已经较大，很少再去利用池塘的饵料;加上投喂主养鱼的剩余饲料，可以很好地被淡水小龙虾摄食利用。我们多年的生产试验已经表明，凶猛性鱼类在投喂充足的情况下，几乎不会主动摄食河蟹和淡水小龙虾，具体原因不得而知。
从水中板田，或深沟拨出一把伊乐草，或轮叶黑藻，肉眼看植物根部，要是发现根部已经变黄、变黑、变软，用手轻拉根际处，其表皮极易撕脱，只剩下木质化的部分，说明水草植物已经开始烂根。把水草在水中清洗一下，放在鼻子边闻水草，要是有臭味并手捏有粘糊糊的感受，说明已经腐烂 。另外拨一把水草，用鼻子闻水草中水味道，要是水有臭味，说明植物的根部也可能腐烂变质。
塘口水草烂根，黑茎的原因分析，水草所处的塘口水体溶解氧含量低，造成夜晚水体生物耗氧大，水草根茎叶系统，因慢缺氧而局部坏死，通过对塘口水体实地测试和现状水样采样分析，发现塘口水草所有的根系甚至是根茎部氮磷肥等无机肥过量，水体有明显白浊，有的塘口水质发粘稠，有明显氨氮特征。
通过观察草长势，红头挂脏是普遍特征，综合辨析:水体中钾肥和铁肥不足。通过仪器，水质测试 检查营水质。塘口水质有残留植物碎片或者是残留各种动物微生物生化排泄基质、饵料残质絮凝，各种碳基营养物，无机盐沉淀结晶等造成水质变坏，白浊。因塘口 种植水草过程中，过于频繁为水草追肥，肥水。凡是板田没有埋施有机基肥的塘口，草的长势明显劣于，施用基肥的塘口，因为频繁施用水溶性肥水产品，导致水质营养化过程加重。
因为不同地区的水质情况是不一样的。水质硬的地区，在大量施用氨基酸类，化肥类水肥，并用强氧化剂过度改底的时候，形成各种底层无机盐沉淀，导致土壤板结。另外，有的塘口 水质的酸碱度变化幅度过大。一般情况下一个塘口ph，碱性变化不要发生太大的变化，长期过高。
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在这种情况下可投加无机或者有机混凝剂，促使胶体凝聚成大颗粒而自然沉淀。常用混凝剂种类有铝盐(、硫酸铝、化铝)和铁盐(化铁、硫酸亚铁、聚丙烯酰胺)。消毒主要是杀灭对小龙虾和人体有害微生物，降低有机物的数量、脱氮、脱色、和脱臭。常用的消毒剂有漂、漂白精、二氧化氯等。臭氧在龙虾养殖上用于对养殖水体消毒越来越多。它是o2的三价同素异构体，在水中具有很强的氧化能力。
主养杂食性鱼类 杂食性鱼类一般会与淡水小龙虾在食性和生态位发生相矛盾，因此，主养杂食性鱼类的池塘是不可以套养淡水小龙虾的。主养肉食性鱼类 主要凶猛肉食性鱼类的池塘，其水质状况良好，溶氧丰富，在饲养的中后期，由于主养的鱼类鱼体已经较大，很少再去利用池塘的饵料;加上投喂主养鱼的剩余饲料，可以很好地被淡水小龙虾摄食利用。我们多年的生产试验已经表明，凶猛性鱼类在投喂充足的情况下，几乎不会主动摄食河蟹和淡水小龙虾，具体原因不得而知。
因为，很多养殖户还是没有学习定期测水的习惯。定期监测，做到心中有数。塘口中大多数沉水植物的对土壤及下层水适应范围是ph6.5---7.8之间，要求夜晚溶解氧底层不小于0.6mg/l。塘口水体温度的影响。这里所说的温度很大的一方面是指塘口板田水体的积温变化的温度。因为高温会引起植物的根系的老化。所以塘口板田的高水温温度不要长时间的维持在28摄氏度以上的环境中。这在夏天是很大的一个因素。
所以，一般的解决办法就是保持坂田水深才是根本，塘口现阶段对水草烂根，黄根，黑茎，挂脏等的综合处理方法，在塘口早期发现少量水草烂根之后，要尽快把烂掉的部分拉除剪掉，然后，对所有水草，施用化水2000倍的【多菌灵或托布津】(广谱性高效低毒内吸性杀菌剂，具有内吸、预防、保护和等作用。可去花草市场)水溶药后，用农药喷雾器喷头半潜水进行消毒作业，也可以把杀菌剂化水后，点对对施放到水里，所栽种的草丛头茎区域。
同时，发现水白浑，草头红，挂脏，并伴有黄根等现象，不分时间，用边进边出法迅速把塘口水连续抽换1周(每天3一6小时，看塘口大小)。如果发现螺丝上草头，水线，螃蟹异常，对水草底层烂根，要二、三天用过碳酸钠护底，连续二次以上,，用药在晚上7一8点后，塘口开始高耗氧时间点。等水下溶解氧环境改良，长出新根之后，再加入以黄腐酸钾肥，草木灰(碳酸钾)，铁肥(三氧化二铁复合粉)配合的基础营养液进行根部插管法施肥。
草头发红，挂脏且水浊，排除了杂鱼，泥鳅，青虾等水生动物过多，造成的饲料不足问题后，先用阿维菌素类杀虫药灭虫外，可以用一次过硫或季磷盐类(兼顾对草根部土壤消毒和改良，每亩250左右，对草头挂脏可以化水均匀撒)进行全塘口净水杀毒。通常用在小龙虾养殖池塘水源进水口，目的是为了防止水中杂鱼、漂浮物和悬浮物进入进水口。
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二价铁乃水溶性，刚从深井中抽出的水无杂质，无色透明，但它们一旦遇到空气中的氧气，水中fe2+即氧化为fe3+，fe3+则为固态物质，水即显示为铁锈色，因此可将深井水先用增氧机曝氧、增氧，利用空气中的氧气，一方面向水中增氧以供小龙虾养殖用水本身需要，另一方面使水中的fe2+氧化为fe3+，fe3+与水中的oh-形成絮状沉淀的fe(oh)3而加以去除。水中的悬浮物质大多可通过自然沉淀去除，而胶体颗粒则不能依靠自然沉淀去除。
塘口面积要适中，一般在20亩—50亩左右，塘埂坡度比例要大，在1：（2.5—3），便于小龙虾穴居、繁殖，同时可减少小龙虾的逃逸。在投苗之前要把水草种好，把水培好。养殖小龙虾适宜的水草是伊乐藻。因为伊乐藻是耐寒性的，一般从每年的11月份就可以开始种了，一直到2月份都可以种，这样到了2月中旬至3月份的时候，伊乐藻就长得比较好了，在水中已经形成的优势，覆盖面积一般会达到50%以上，甚至更多，投放的小龙虾苗种不会对伊乐藻形成毁灭性的破坏，
否则容易使水管道堵塞或使敌害生物进入小龙虾养殖水体。栅栏通常是用竹箔、网片组成，也有用金属结构的网格组成。筛网材料通常为尼龙筛绢。用来去除浮游动物和个体较大的有机物。沉淀是借助水中悬浮固体本身的重力，沉淀于池塘底部，使其与水体分离。过滤是养殖小龙虾用水比较经济有效的水处理方法之一，它既可以作为养殖用水的预处理，也可以作为养殖用水的终处理。过滤所用材料主要有石英砂、炼渣、砾石等。
滤料层的厚度与滤料种类有关，粒径较大的滤料孔隙率大，其滤料层需厚一些。相反，粒径较小的滤料孔隙率小，则滤料层可薄一下，但通常不少于0.5-0.6米。小龙虾养殖用水的化学处理时利用化学作用，以除去水中的污染物。通常有加化学药剂、促使污染物混凝、沉淀氧化还原和络合。小龙虾养殖用水不能含有超量的重金属，否则，轻则引起龙虾的畸形，重则危害其生存。如稚虾对离子的平均承受限度为10微克/升，超过此限度则会造成稚虾幼体畸形或者死亡。
龙虾养殖生产中去除水中重金属常采用钠盐，其化学名称为乙酸二钠，为白色粉末状结晶，易溶于水，一旦与水中其他金属离子如、铝、铜等相遇，钠离子位置立刻会被其他重金属离子取代而形成新的稳定的化合物，从而大大降低水体内的重金属离子浓度和对幼虾的毒害作用。水中的无机物和溶解有机物可通过氧化还原反应转化为无害物质或易于从水中分离的气体和固体，从而达到处理要求。
淡水小龙虾养殖生产过程中常用空气氧化法，曝气、水质改良机(翻动淤泥或将其吸出暴露在空气中)或干池曝晒，使硫化氢氧化成so42-，氮转化为no2-，它们不仅无毒，而且是水草等水生植物的良好营养。又如不少地区采用地下水作为养殖淡水小龙虾用水，地下水的溶氧量均很低，特别是深井水，其溶氧量几乎为零，而某些地区土壤中含铁量较高，在缺氧水中的铁以还原态形式(fe2+)存在。