争议已经进入司法程序,政府却还给对方发许可证,合法吗?

我跟我的邻居去年因为地梁问题有争议。我邻居执意要我家房子的一面墙当作他家的。我房子一楼比较低,地梁打高了,他就想把我家的墙拿去承重。这是我的房子,怎么可能让他承上去,他当时还打了我的母亲。
如果以后我要拆房子,他的房子立马就塌。而且这面墙在他承之前就已经开裂了,这样他还非要承。
我们就说请专业勘察队来测量,如果不会给我们家带来影响和伤害,我就可以让他承。但他又不肯,说赔偿几千块给我们,我们又不差这钱!
乡人大主席、乡长、书记、司法所、派出所、土地所的都介入了,都协商无果。
乡政府已经下了几次的停建的通知书,对方也还一直在抢建。
在2016年大概10-11月的时间段,我们去法院起诉这个邻居,法院也受理了,3月20日开庭。
但是我今天才知道乡里给邻居办了建设许可证。建设许可证号FJNO.0013623,办证时间2016年11月20日。还是在发停建通知之后办理的。
我想知道,在明知道土地有争议,并且已经进入诉讼程序的情况下,乡里还给对方发证,这是合法的吗?可以这样的吗?
关于王先生反映“争议已经进入司法程序,政府却还给对方发许可证,合法吗?”诉求事项的答复
王先生:
你于“2017年3月6日 19:18 ”在12345平台提出“争议已经进入司法程序,政府却还给对方发许可证,合法吗?”诉求事项(诉求件编号LY17030600060),我们已收悉。现答复如下:
我乡湘洋村刘联新户建房地点位于规划区内,由于与邻居王清发户因地块纠纷有争议,建设许可证一直未办理。2016年11月20日,由于贫困户易地搬迁户在扶贫信息系统中需录入易地搬迁相关内容,乡里就给刘联新户编了建设许可证号。但实际并未给他发证,我们将在矛盾纠纷处理清楚后确定能不能给他办理相关证件。
感谢你对我们工作的理解和支持。
湘店乡人民政府
2017年3月9日(武平县湘店乡于 2017-3-9 08:37回复)