实务中，公司与个人股东之间的借贷大致分两种情形：个人股东向公司借款、公司向个人股东借款。
一、个人股东向公司借款
公司按照独立交易原则借款给自然人股东并收取利息的，应当按照金融服务类别中的贷款服务项目缴纳增值税（参见财税[2016]36号）。其企业所得税处理相对容易。这也涉及到个人所得税的处理，自然人股东向公司借款长期不还的，且其借款未用于企业生产经营的，其未归还的借款视为企业对个人投资者的分红，按照“利息、股息、红利所得”计征个人所得税。（参见国税发[2005]120号第35条之规定：各级税务机关应加强个人投资者从其投资企业借款的管理，对期限超过一年又未用于企业生产经营的借款，严格按照有关规定征税）
二、公司向个人股东借款
公司向个人股东借款，适用国税函[2009]777号文件中的规定：企业向股东或其他与企业有关联关系的自然人借款的利息支出，应根据《企业所得税法》第46条及财税[2008]121号（即：《财政部、国家税务总局关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》）规定的条件，计算企业所得税扣除额。这实际上是将自然人股东视为企业的关联方。
实务中，也有公司利用向股东借款的途径，以借款利息支出的名义转移公司税前利润，达到避税目的。而对于企业对外利息支出合理与否，《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》规定：企业在按照合同要求首次支付利息并进行税前扣除时，应提供金融企业的同期同类贷款利率情况说明。