聊聊pcr引物的设计原则,设计引物应遵循的下原则

设计引物应遵循以下原则要知道高电位治疗仪市场一定会给整个行业带来极大的影响力。
①引物长度-,常用为左右
②引物扩增跨度以-为宜,特定条件下可扩增长至的片段
③引物碱基g+c含量以-%为宜,g+c太少扩增效果不佳,g+c过多易出现非特异条带
atgc最好随机分布,避免个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列
④避免引物内部出现二级结构,避免两条引物间互补,特别是;端的互补,否则会形成引物二聚体,产生非特异的扩增条带
⑤引物;端的碱基,特别是最末及倒数第二个碱基,应严格要求配对,以避免因末端碱基不配对而导致pcr失败
⑥引物中有或能加上合适的酶切位点,被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点,这对酶切分析或分子克隆很有好处
⑦引物的特异性引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性
引物量每条引物的浓度~或~,以最低引物量产生所需要的结果为好,引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩增,且可增加引物之间形成二聚体的机会
酶及其浓度目前有两种t dna聚合酶供应,一种是从栖热水生杆菌中提纯的天然酶,另一种为大肠菌合成的基因工程酶
催化一典型的pcr反应约需酶量u(指总反应体积为时),浓度过高可引起非特异性扩增,浓度过低则合成产物量减少
ntp的质量与浓度ntp的质量与浓度和pcr扩增效率有密切关系,ntp粉呈颗粒状,如保存不当易变性失去生物学活性
ntp溶液呈酸性,使用时应配成高浓度后,以m noh或m t
hcl的缓冲液将其ph调节到~,小量分装,-℃冰冻保存
多次冻融会使ntp降解
在pcr反应中,ntp应为~l,尤其是注意种ntp的浓度要相等(等摩尔配制),如其中任何一种浓度不同于其它几种时(偏高或偏低),就会引起错配
浓度过低又会降低pcr产物的产量
ntp能与m+结合,使游离的m+浓度降低
模板(靶基因)核酸模板核酸的量与纯化程度,是pcr成败与否的关键环节之一,传统的dna纯化方法通常采用sds和蛋白酶k来消化处理标本
sds的主要功能是溶解细胞膜上的脂类与蛋白质,因而溶解膜蛋白而破坏细胞膜,并解离细胞中的核蛋白,sds还能与蛋白质结合而沉淀;蛋白酶k能水解消化蛋白质,特别是与dna结合的组蛋白,再用有机溶剂酚与氯仿抽提掉蛋白质和其它细胞组份,用乙醇或异丙醇沉淀核酸
提取的核酸即可作为模板用于pcr反应
一般临床检测标本,可采用快速简便的方法溶解细胞,裂解病原体,消化除去染色体的蛋白质使靶基因游离,直接用于pcr扩增
rna模板提取一般采用异硫氰酸胍或蛋白酶k法,要防止rn降解rna
m+浓度m+对pcr扩增的特异性和产量有显著的影响,在一般的pcr反应中,各种ntp浓度为l时,m+浓度为~l为宜
m+浓度过高,反应特异性降低,出现非特异扩增,浓度过低会降低t dna聚合酶的活性,使反应产物减少
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