对公安机关的鉴定意见有异议的处理方式就是由当事人在规定期限内向上一级机关部门提出异议申请并重新进行鉴定。公安机关的鉴定意见是可以作为法院定案的证据的，其属于法律规定的证据类别当中。
一、对公安机关的鉴定意见有异议 如何处理
对公安机关的鉴定意见有异议的处理办法是当事人可以对鉴定结论提出异议并重新申请鉴定。
根据《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》第十一条规定，在诉讼中，当事人对鉴定意见有异议的，经人民法院依法通知，鉴定人应当出庭作证。鉴定人和鉴定机构应当在鉴定人和鉴定机构名册注明的业务范围内从事司法鉴定业务。鉴定人应当依照诉讼法律规定实行回避。
二、公安机关的鉴定意见能否作为法院定案的证据
公安机关的鉴定意见是可以作为作为法院定案的证据。
《刑事诉讼法》第五十条规定，可以用于证明案件事实的材料，都是证据。证据包括：
（一）物证；
（二）书证；
（三）证人证言；
（四）被害人陈述；
（五）犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解；
（六）鉴定意见；
（七）勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录；
（八）视听资料、电子数据。证据必须经过查证属实，才能作为定案的根据。
三、司法鉴定意见不能作为证据使用的情形有哪些
《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》第二十四条规定，鉴定意见具有下列情形之一的，不能作为定案的根据：
（一）鉴定机构不具备法定的资格和条件，或者鉴定事项超出本鉴定机构项目范围或者鉴定能力的；
（二）鉴定人不具备法定的资格和条件、鉴定人不具有相关专业技术或者职称、鉴定人违反回避规定的；
（三）鉴定程序、方法有错误的；
（四）鉴定意见与证明对象没有关联的；
（五）鉴定对象与送检材料、样本不一致的；
（六）送检材料、样本来源不明或者确实被污染且不具备鉴定条件的；
（七）违反有关鉴定特定标准的；
（八）鉴定文书缺少签名、盖章的；
（九）其他违反有关规定的情形。