稽查局认定甲公司构成虚开增值税专用发票的事实不清、证据不足在本案行政诉讼一审和二审审理程序中，稽查局向法院提交的证据分为两组，分别是程序性证据、认定违法事实类证据，其中稽查局提交的第二组证据及其证明目的，下面深圳工商注册代理公司，深圳财务代理记账公司和深圳代办执照公司一起去了解的相关内容和大一起去了解了。
1、稽查局明显缺乏认定虚开增值税专用发票的关键性证据虚开增值税专用发票的核心事实系开具、收受增值税专用发票与实际经营情况不相符或不存在真实经营行为。在本案中，稽查局认定甲公司虚接受增值税专用发票行为的核心证据系甲公司负责人的笔录以及甲公司未向三家开票公司以公对公形式支付款项的事实。然而，稽查局所依赖的上列证据明显不足以认定甲公司存在虚接受增值税专用发票的违法事实。在本案的处罚听证程序中，甲公司就款项支付问题已作出了说明，由于发票所涉项目在外地，因此在采购环节采取现场现金结算的支付方式。根据我国行政处罚法的规定，当事人对行政机关拟作出的处罚决定提出申辩意见的，行政机关应当充分考虑并调查核实情况。因此，在本案中，稽查局所缺乏的关键证据主要包括：
（1）甲公司与三家开票公司之间是否存在真实经营关系的事实性证据；（2）三家开票公司有关负责人员、业务人员对交易情况的说明或询问；（3）收取甲公司现金款项的诸多个人对交易情况的说明或询问。
2、稽查局所提交的证据及其证明目的之间的关联性不足稽查局以甲公司与三家开票公司之间没有公对公转账交易关系的事实认定双方之间不存在真实交易关系的关联性明显不足。甲公司尽管未直接向开票公司支付款项，但将款项支付给了个人，该个人可能存在系开票公司员工、具有收款授权的个人，当个人代表开票公司收受款项时，便无法得出甲公司与开票公司之间不存在交易关系的结论。因此稽查局的这一主要证明方法存在严重的关联性不足的缺陷。
深圳财务代理公司小编告诉您综上可以看到，稽查局在尚未对本案有关交易事实进行充分调查取证、对有关交易各方进行充分调查询问的基础上便认定甲公司构成虚开增值税专用发票并实施处罚，导致出现案件事实不清、证据不足的问题，稽查局应当承担败诉后果。
小结
税务机关不能仅以公对公银行转账这一种情形认定发票与资金流保持一致，而应当充分考虑和尊重交易双方的资金结算方式安排，从交易双方的权利义务关系及实际履行情况角度出发判断资金流的问题。税务机关对纳税人实施税务行政处罚应当遵循证据确凿、充分、以事实为依据、以法律为准绳的证明标准。