1、指代不同。ntfs：是 windows nt 环境的文件系统。新技术文件系统是windows nt家族的限制级专用的文件系统。exfat：是microsoft在windows embeded 5.0以上（包括windows ce 5.0、6.0、windows mobile5、6、6.1）中引入的一种适合于闪存的文件系统，为了解决fat32等不支持4g及其更大的文件而推出。
2、优缺点不同。ntfs：对fat和hpfs作了若干改进，例如，支持元数据，并且使用了高级数据结构，以便于改善性能、可靠性和磁盘空间利用率，并提供了若干附加扩展功能。exfat：采用了自由空间位图负责容量分配，删除与写入性能得到最大限度地改进。
3、支持存储空间不同。ntfs：ntfs可以支持的分区(如果采用动态磁盘则称为卷)大小可以达到2tb。而windows2000中的fat32支持分区的大小最大为32gb。exfat：单文件大小最大可达16eb（18,446,744,073,709,551,616字节，（理论值,16×1024×1024tb），1tb=1024g）。