企业的加工贸易退税工作之前的流程是：在出口货物完成报关后，由报关行至现场海关签发纸质的报关单退税联，将该纸质单证交至国税局进行退税工作。
随着无纸化的推进，自2015年5月开始，海关不再签发纸质的退税联，而由企业自行至电子口岸出口退税系统拉取报关单，进行退税。
但目前往往有企业遇到这样的情况，货物已经顺利出口，但是企业在申报退税时显示海关无数据。在这种情况下，可以按如下处理：
首先，确认该票货物的报关单是否已经结关。若已经结关，再查一下电子口岸出口退税系统是否有该票货物的报关单信息，如果有信息而国税局没有接收到，那么建议联系一下电子口岸是否为数据传输问题。
其次，如果该报关单已结关，而电子口岸出口退税系统无信息，那么，企业可以将电子口岸出口退税联网监管系统的截图打印并附上相关的报关单一起给到报关行，由报关员至现场海关进行处理，由相应海关进行系统的补发。
但是，另有一种情况，也就是出口的监管方式为进料非对口，监管方式代码为0715的，这种情况，根据国家税务总局和海关总署双方协作规定，代码为0715的监管方式并不在数据交换范围内，也就是说这种监管方式下，出口退税系统不能自动接收到海关的相关数据。就目前来说，如果企业遇到这种监管方式，需要咨询主管海关和国税进行协商解决。
不过，随着无纸化作业和各系统的联网监管工作的深入，相信不久的将来，该问题将有效的解决。