（一）政府绩效审计法律体系缺失。
截至目前，我国颁布的各项审计法律法规，都没有对政府绩效审计的细则作出明确规定。而有关政府绩效审计的审计准则也没能出台，这对规范我国政府绩效审计的流程，确认政府绩效审计的标准及责任人等造成了很大的桎梏。使得政府绩效审计在操作的过程中，缺乏该有的法律依据，影响了审计实施过程的权威性，更使得审计结果的公正性受到质疑。
而就审计公告的效力而言，由于法律在这方面并没有做出明确具体的规定，即便在政府审计过程中发现违法违纪的问题，但没有法律做支撑，审计的结果就成了一纸空文，无法对相关的行为起到惩治和警戒的作用。同时，由于没有法律的保障，违规成本几乎为零，使得政府绩效审计结果的重要性得不到重视。
（二）审计体制影响审计有效性
我国采取行政型审计体制，在计划经济向市场经济转型的初期，有利于控制混乱的财经领域，减少会计信息失真，财务管理不规范，企业内部控制隐患等问题。但随着我国经济的稳步发展，市场经济转型的逐步成熟，这种体制固有的缺陷就暴露了出来。
目前，我国的各级审计机关是属于本机政府的一个职能部门，处于本级政府的领导下，基本的审计经费都由同级政府拨出，一方面严重违背了审计的独立性精神，另一方面可能导
致审计机关与本级政府间的矛盾纠纷。在对同级政府的活动实施绩效审计的过程中，同级审计机关的审计结果容易被人为因素所烦扰，导致审计结果失真，使得审计有效性受到影响。
（三）政府绩效审计环境的缺失
正是由于审计机关处于同级政府的领导下，因此，审计机关的工作目标和重点都必须服从政府的总体目标。同时由于我国政府部门内部还没有建立明确的与绩效相关的责任机制，政府的管理水平依然有待提高，绩效审计赖以进行评价的基础还不够可靠，在很大程度上制约了政府绩效审计的工作。
我国的政府投资项目很多且资金流量很大。而一些单位的财会制度不规范，甚至舞弊现象严重，加之社会舆论监督力量弱等，直接导致了在进行绩效审计的过程中，审计机关必须将更多的精力投入到合规性审计中。在此过程中，若审计资源相对有限，则会导致审计人员无法进一步开展绩效审计业务。
“责任政府”是近年来频繁被提及的一个概念，但实践和理论依然存在差距。由于政府内部绩效评价体系的不完善，一些政府部门人员存在“不求有功，但求无过”的惰性思维，从主观对绩效审计进行排斥，乃至漠视法纪，明知故犯。这些都大大影响了政府绩效审计职能的落实。
（四）我国审计机关人员管理机制的制约
我国审计机关的人员是统一编制的。受编制、认识管理体制及专业性质的制约，我国审计机关人员的流动不畅。在招聘人员上岗方面，审计机关缺乏主动性。就目前的人员管理机制而言，我国审计机关的工作人员均由政府的人事部门统一安排的公开选拔录入，不一定能满足审计机关自身的实际需求。尽管审计机关可以通过选调的形式对专业人员进行录取，但数量毕竟少之又少。此外，审计机关普遍满员，几乎不可能增加人员的编制。在人员的升迁方面，受专业的限制，我国审计机关审计人员的升迁基本处于自行消化状态，很难再进入别的领域。也因此，人员的年龄结构和专业结构不合理的现象屡见不鲜。
（五）审计人员知识结构单一
目前，为了满足我国政府审计的需求，审计机关主要招纳大量的审计会计人才。但我国政府审计在由合规性为主向合规性与绩效审计并重的过渡历程中，需要的审计人员除了要有扎实的会计学、审计学功底以外，还需具备社会学、统计学、计算机科学等多方面的知识。此时，若依然按照原来的标准吸纳人才，不仅不能满足现阶段政府审计的要求，审计人员还很可能因为无法适应政府审计的这一转变过程而被淘汰。
在政府绩效审计过程中，有可能遇到各种项目。然而，现有审计人员在知识结构、专业素质、工作能力等方面与开展绩效审计的要求存在较大差距。审计人员知识结构单一，经验不足，无法胜任绩效审计的要求，难以实现政府绩效审计的目标。