工程机器代理进口报关公司流程分析如下：
1. 准备资料：首先需要准备好进口工程机器的相关资料，包括合同、发票、装箱单、运输单据等。
2. 检验检疫：进口工程机器需要进行检验检疫，包括检验设备是否符合国家标准、是否存在安全隐患等。
3. 申报报关：将准备好的资料提交给报关代理公司，由代理公司进行申报报关。
4. 缴纳税款：根据进口工程机器的税率，缴纳相应的税款。
5. 收取货物：报关代理公司完成报关手续后，可以前往海关指定的地点收取货物。
6. 交付客户：将货物交付给客户，并提供相关的报关单据和发票等。