在正常情况下，子宫内膜都会很乖很安静的生长在子宫腔内，受体内雌激素的影响，大约每月掉落一次，形成例假。
例假期掉落的子宫内膜的碎片，会随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢外表或盆腔别的部位，这样就形成了异位囊肿。异位的子宫内膜受性激素的影响，随例假周期持续掉落出血。
卵巢是子宫内膜异位症发作最多的部位，约占八成左右。当病变发作于卵巢上，每次例假期部分都有出血，使卵巢异常增大，导致内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，看起来有点像巧克力，所以又被称为“巧克力囊肿”。这种囊肿能够逐步增大，有时会在经期或经后发作破裂。
巧克力囊肿有以下的症状
1.痛经。痛经是子宫内膜异位最显着的症状，却是最容易被人们忽略的前兆。
2.性交痛。这也是一个很明显的信号，有人还会伴有点状出血。
3.不孕症。在不孕的女人中，子宫内膜异位导致的不孕比例非常高。
4 腹痛。囊肿破裂后，小的破口能够很快自行愈合，并与周围组织形成粘连，致使不孕；假如破口较大，则无法自行愈合，刺激性极强的囊内液可流入腹腔，刺激周围的腹膜，致使剧烈的腹痛，假如处理不及时，还也许致使阴险的弥漫性腹膜炎。