一、结算金额超出合同部分该如何处理
当事人在建设工程施工合同专用条款或另行签订的协议中明确约定发包人应在收到承包人提交竣工结算文件后一定期限内予以答复，且逾期未答复则视为认可竣工结算文件的，承包人依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条的规定请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持；没有明确约定逾期未答复则视为认可竣工结算文件的，承包人请求按照竣工结算文件确定工程价款的，不予支持。
因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条 当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。
因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第三条规定处理。
第二十一条 当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
第二十二条 当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持。
二、工程款追讨需要哪些证据
追讨工程款需要准备以下证据：
1.施工单位资质证书;
2.工程招投标文件;
3.工程报建、规划、国土、施工许可文件;
4.建筑安装工程承包合同书及其补充协议;
5.施工图纸;
6.不可抗力证明文件及损失证明;
7.工程进度情况、工程施工日志;
8.工程量增减的签证;
9.设计变更的文件;
10.质量验收的证明;
11.工程进度付款凭据;
12.工程分包情况;
13.工程总决算书或分阶段结算书等;
上述的证据都是在诉讼前就已经形成的，所以在施工过程中，要注意这些证据材料的搜集、管理。
三、如何确定工程纠纷有管辖权的法院
建筑工程产生纠纷的，按以下情形确定法院管辖权：
1.如果是合同纠纷，合同有约定的，由约定地法院管辖，如果没有约定的，由合同履行地或者被告人所在地法院管辖;
2.如果因建筑工程产生的不动产纠纷，由建筑工程所在地法院管辖。
《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条 因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
第三十四条 下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：
（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；
（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；
（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。