1.从品种和色泽看：世界上野生灵芝250多种，目前我国对其中104种已经有了较明确的认识，还有一些品种有待于开发，而养殖的灵芝目前只有5种。由生长环境的不同以区别，野生灵芝多生长于深山树林中某种已枯死树干上，旁边杂草乱石颇多，故野生灵芝长型多样，色泽各异，而种植灵芝出于种植基地，虽种植户也有刻意模仿野生灵芝生长环境，但大多长型都比较均匀，色泽大致相同。
2.从生长期看：野生灵芝，除我国的无柄赤芝为一年生长以外，大多为子实体都是多年生植物，有的野生灵芝生长期可以达到数百年，其积累的药用价值也是更为显著，因此它神奇的药效为野生灵芝披上了一层神秘的色彩，而养殖灵芝生长期大多数都仅有一个月而已。
3.从寄居物看：野生灵芝大多寄居于活树干、树皮、木桩或朽木上。而养殖灵芝是长在大棚中，寄居于锯末或棉花籽上，一般以椴木为主。比如多年生的野生平盖灵芝，被称为树舌。就是在活树干上生长着，根本无法栽培。
4.从农药残留看：野生灵芝生长在深山野外，遵循自然规律，所以环境污染少，没有农药及任何有害物质残留；而养殖灵芝一般生长于人工搭建的大棚之中，需要人工对其进行防腐、防虫处理，其农药残留就可想而知。
5.从药效价值看：灵芝中最有价值的是有机锗和有机硒。每一克野生灵芝中就含有机锗800至2000微克，含有机硒1000至4000微克；而种植的灵芝有机锗和有机硒的含量几乎是没有的。
6.从灵芝多糖、灵芝酸、总三萜及大量的微量元素看：野生灵芝中灵芝多糖和灵芝酸的含量是养殖灵芝的三到六倍。而总三萜及大量的微量元素在养殖灵芝中的含量也远远不如野生灵芝。
7..从繁殖来看：野生灵芝通过孢子来繁殖，灵芝孢子有四种性别：a1、a2、b1、b2，只有a、b两类不同性别的孢子（a1和b2、a2、和b2）交配才能长出子实体，这是大自然优胜劣汰规律的体现，也保证了忧质灵芝菌种的繁衍。而人工栽培灵芝大多采用无性繁殖，即通过菌丝体的分裂一培植菌种，再将菌丝体分割，再次培育更多的菌种，其间不需要交配过程。一代代的无性繁殖下去，就像人类近亲结婚一样，必然导致菌种的退化。
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