在水禽孵化时，做好种蛋的选择保管和消毒工作对提高孵化率效果是至关重要的。即使是优良种蛋又经过严格的挑选，如保管不当消毒不严也会导致孵化率下降。所以，在孵化前做好种蛋的选择保管和消毒。北洲养鸡网
. 种蛋的选择
. 种蛋来源的选择
种蛋应来自生产性能高无传染病受精率高饲料率高饲料营养全面管理良好的鸭鹅群。受精率低患有严重传染病或患病初愈的鸭鹅所产种蛋，不宜用来孵化。如需外购，应调查种鸭鹅的健康状况和饲养管理水平。
. 清洁度的选择
作为孵化用的种蛋，蛋壳上不应有粪便破蛋液等污物。脏蛋不但本身孵化效率低，还会污染正常胚蛋及孵化器，增加死胚数量，使孵化率下降，雏鸭鹅质量降低。但鸭鹅一般采用平养，如垫料产蛋箱管理不善，极易造成大量的污蛋，这时一方面要改善垫料管理，另外可对脏蛋进行必要的处理，因为鸭鹅的产量低，能利用的种蛋尽量利用。脏蛋不宜用脏的抹布简单的擦拭，因为这种处理方法在外观上虽看不到脏污，但会在蛋的表面留下大量的细菌，达不到处理的效果，建议用消毒液进行浸泡洗条，晾干后立即入孵。
. 蛋重蛋形蛋壳的选择
..蛋重：偏离品种标准蛋重过大过小的蛋都影响孵化率和雏鸭鹅的质量。如豁鹅的蛋重在左右，大于或小于的应剔除。
.. 蛋形：合格种蛋应为椭圆形，过长过圆腰鼓形两头尖的畸形蛋都应剔除；砂皮蛋钢皮蛋也不应要，应剔除，做商品蛋用。
.. 蛋壳厚度：蛋壳过厚的钢皮蛋过薄的砂皮蛋及皱纹蛋都不宜作种蛋。因为蛋壳过厚，在孵化过程中，蛋内水分蒸发慢，出雏困难；蛋壳过薄，蛋内水分蒸发快，不利于胚胎的发育。
. 蛋种的保存
即使来自优良的种鸭鹅，又经严格选择的种蛋，如果保存不当，也会导致孵化率下降。蛋种产出到孵化前，要注意保存温度湿度和时间。
.适宜的保存温度
如保存温度超过.℃，胚胎开始发育，易引起死胚；如低于℃，胚蛋受冻降低孵化率。种蛋保存温度宜为℃～℃。保存时间短，采取上限值；保存时间长，取下限。此外，刚产出的蛋应逐渐降到保存温度，一防骤降危害胚胎活力。
. 适宜的保存湿度
为了减少蛋内水分的蒸发，应提高保存湿度，相对湿度应达%～%。但湿度太高，霉菌容易繁殖，也影响今后的孵化率。
. 种蛋保存时间
保存条件好，如带空调的贮存室，种蛋在周内，孵化率下降较小， 周以上孵化率急剧降低。一般保存 天～ 天，不要超过 周。在℃时，保存 天。℃时，宜保存 天。总之，在可能条件下，越早入孵越好。越晚入孵月不好。
. 种蛋贮存室的要求
隔热性良好（防冻热），清洁卫生，防尘沙蚊和老鼠，不让阳光直射和穿堂风直接吹到种蛋上。规模化养鸭鹅生产的种蛋库应有空间设备。
. 种蛋消毒
水禽种蛋产出时，会被泄殖腔排泄物污染，接触垫料和粪便时，种蛋会进一步污染。因此种蛋上有很多细菌，随时间推移，细菌数会迅速增加，有些细菌通过气孔进去蛋内，对孵化和雏鹅质量构成威胁。种蛋产出后应认真消毒，才能保证高的孵化率。
. 消毒时间
从理论上讲，种蛋产出后马上消毒，能消灭大部分的微生物，但在试验中难以实施。可行的办法是每天早上 点集完蛋后立刻在鸭鹅舍消毒室或运至贮蛋库消毒。种蛋入孵后，在孵化器里进行第二次消毒。
.消毒方法
.. 甲醛和高锰酸钾熏蒸法：甲醛（福尔马林%的水溶液）和高锰酸钾反应产生气体熏蒸种蛋，消毒效果好，操作简便。对清洁度较差的种蛋，每立方米体积用甲醛l，高锰酸钾，在温度℃～℃，相对湿度%～%下，熏蒸 分钟，可杀死%～.%的病原体。为节约药物，可在蛋盘上罩薄膜。在入孵化器进行第 次消毒时，每立方米用甲醛l，高锰酸钾，熏蒸 分钟，如种蛋壳上凝有水珠，应让水珠蒸发后再消毒，否则对胚胎不利，另外，熏蒸消毒应避开～ 胚龄的胚蛋。
..清洗消毒种蛋：为了扩大种蛋的利用率，应对沾污的种蛋进行恰当的清洗和消毒处理。目前常用一下几种方法：
① 高锰酸钾浸泡消毒：配置/ 的高锰酸钾溶液，在℃的温水中洗涤脏蛋，工作人员应带防水手套操作。消毒液要经常更换。晒干后应立即入孵。
②碘液浸泡消毒：将种蛋连用蛋盘一起放入/ 的碘液中浸泡 分钟。配方： 沸水中溶解 或 碘化钾，水温在℃时处理效果较好。
③ 季铵化合物浸泡消毒：配置.%季铵化合物（氯化甲烃铵等）的消毒液浸液种蛋较为理想。其温度与蛋温相应，只需把整个蛋浸湿后即可装入孵化盘。但脏蛋需先洗净后再行药液消毒。药液污秽后重新配置。