微生物群落的宏基因组研究通常是利用原核生物的16s核糖体rna（rrna）基因开展的，它包含保守和可变的区域，有助于测序和系统分类。遵循illumina的完整流程，在miseq系统上开展的16s宏基因组学研究可高效地实现微生物群落的物种鉴定。这个流程包括dna分离、文库制备、测序和按键式的分析，为16s宏基因组学提供了一个端对端的解决方案。将经过验证的illumina文库制备方案、miseq系统和简单的分析软件相结合，研究人员可快速轻松地分析复杂的微生物样本。然而随着行业的发展壮大，单细胞测序也会给我们带来越来越多的消费体验，让用户真切感受到了升级变化。
illumina的16s宏基因组测序的文库制备指南是一个易于遵循的dna文库制备方案。它经过优化，针对16srrna基因的v3和v4区域，但它也适合其他可变区。从基因组dna开始一直到测序即用的文库，16s宏基因组测序的文库制备指南在文库制备的每个步骤指引用户。所有必需的试剂已经列出，包括针对16srrna基因的v3和v4区所需的引物序列。这些引物经过修改，可针对16s基因的不同区域，或改变后用在定制应用中。水库中的27个样本是利用16s文库制备方案和nextera?xtdnaindexkit6制备的，可实现经济的样本多重分析。
miseq系统可提供2x300bp的读长和高达5千万的双端序列，产生15gb的数据。这个灵活的系统让微生物学家能够将研究从一个样本扩展到几百个样本。同时还提供micro和nano流动槽选项及伴随试剂，可通过优化样本量和覆盖度需求来支持低通量的实验。
水库中的样本被上样到miseq试剂卡盒中，随后上样到仪器中。开展自动化的簇生成和2x300bp的双端测序运行。所产生的序列在样本中均匀分布，证明了均一的覆盖度。
利用miseq系统中的16s宏基因组学流程，微生物学家在细菌群落的宏基因组研究中可达到物种水平的灵敏度。在这项研究中，我们可以利用illumina的流程来研究水库中的微生物群落，揭开群落组成的变化。这项研究让生物学家能够利用新的方法，来研究环境对水源和水质的影响。16s宏基因组研究是miseq桌面式测序仪的多个应用之一。illumina的解决方案在此过程中，从dna分离到数据分析的每一步为研究人员提供支持，实现了微生物基因组探索的一系列应用。
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参考文献：利用miseq?系统开展16s宏基因组学研究
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标题：利用miseq系统开展16s宏基因组学研究，达到物种水平的灵敏度_illumina中国官网
描述：微生物群落的宏基因组研究通常是利用原核生物的16s核糖体rna（rrna）基因开展的，它包含保守和可变的区域，有助于测序和系统分类。遵循illumina的完整流程，在miseq系统上开展的16s宏基因组学研究可高效地实现微生物群落的物种鉴定。
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撰稿二
关键词：免疫研究
标题：新一代测序为免疫研究提供了更多可能
免疫肿瘤学是一个新兴的研究领域，为癌症患者及与其抗争的人们展现了巨大的希望。它也代表科学界有机会更好地了解肿瘤与免疫系统的相互作用所涉及到的生物学机制。新发现正带来改良的基因组学方案，它们能够推动新型疗法的开发，并预测患者对免疫治疗的响应。新一代测序（ngs）的应用是免疫研究探索中的一项关键技术。illumina已经开发出测序工具和数据分析工具，让任何一个免疫研究小组都能轻松开始他们自己的免疫肿瘤学实验。
多种免疫治疗方式已经开发出来，用于阻断癌症逃避免疫破坏的能力，让免疫研究人员能够以个性化的方式瞄准肿瘤。在理想的情况下，因肿瘤中的非同义体细胞突变而产生的突变蛋白会作为抗原出现在癌细胞的表面，被免疫系统所识别。然而，癌细胞采用各种策略来逃避免疫系统的识别和清除。第一个是表达免疫检查点通路的组分，如pd-l1，来抑制t细胞的激活。第二个策略是通过募集肿瘤相关的巨噬细胞和调节性t细胞，它们阻断细胞毒性t细胞的渗透，从而改变肿瘤微环境。
检查点抑制剂，如针对ctla4和pd1的抗体，最近获得了美国fda的批准，在一部分特定癌症患者上显示出疗效，如黑色素瘤和非小细胞肺癌。证据还表明，非同义突变越多的癌症患者对检查点抑制剂疗法的响应越好。一种更加个性化的免疫治疗是根据肿瘤特异的非同义dna改变形成的新抗原来开发癌症疫苗。新抗原持续刺激细胞毒性t淋巴细胞，在检查点抑制剂存在或一种有利的免疫微环境下，可能清除癌细胞。
illumina的ngs技术帮助获得了癌症基因组学的大量信息，包括肿瘤dna和rna图谱分析的特殊应用和宿主环境。利用新的信息学工具，成熟的ngs方法可根据免疫肿瘤学的应用而进一步定制。basespacesequencehub可以与nextseq和hiseq系列测序系统相整合，利用truseqexome和rnaaccesslibraryprepkit。basespaceinformaticssuite为分析带来灵活性和效率，让免疫研究对任何研究小组而言触手可及。
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参考文献：新一代测序进行免疫肿瘤学研究的生物信息学工具
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描述：新一代测序（ngs）的应用是免疫研究探索中的一项关键技术。illumina已经开发出测序工具和数据分析工具，让任何一个免疫研究小组都能轻松开始他们自己的免疫肿瘤学实验。
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