一、民法典合同补充协议的效力如何
民法典合同补充协议有效力。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行，补充合同的效力优于主合同的效力。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订变更，应当按照补充协议的规定执行。
《中华人民共和国民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
二、主合同无效补充协议有效么
主合同无效，补充协议的内容可独立履行的，补充协议有效；不能独立履行的，则效力待定。双方在第一时间内签订的合同称之为主合同，另外协商而达成的协议称之为补充合同。
《民法典》第五百四十四条当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
三、补充协议的内容限定
1.一般情况下，补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改，其前提是必须符合法律规定事由，例如在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化，就可以通过签订补充协议或签证来进行。
2.特殊情况下，建筑许可、建筑工程发包与承包、建筑工程监理需要在相关部门备案的合同，以及经过招投标的合同，其条款一般不能在补充协议中随便更改。但是，现实中由于合同双方在主合同签订后往往需要订立一些与原合同不一致（主要是工程价款方面）的补充协议，按照招投标法及最高人民法院的相关司法解释，这样的补充合同中的内容是具有相应效力的，也不能推翻原合同。