污水处理将受排污许可制度约束
修改后的水污染防治法在排污许可制度和规范排污行为方面有了新规定。明确规定城镇污水集中处理设施的运营单位应当取得排污许可证，同时，明确了排污许可证中应当载明的内容，即须明确排放水污染物的种类、浓度、总量和排放去向等要求。另外，还对持证单位的基本义务作了要求，明确禁止无排污许可证或者违反排污许可证的规定进行排污。
与修改前相比，修改后的水污染防治法对排污许可适用要求更加具体、明确。这意味着以后城镇污水处理厂等单位不仅须取得排污许可才能够进行排污，而且具体的排污行为还要符合排污许可证上记载的种类、浓度、总量和排放去向等要求。不过，修改后的水污染防治法虽然删除了排污申报登记的规定，却并没有取消排污申报登记制度，而是将其纳入排污许可证制度，今后企业无需单独申报水污染情况。
此外，修改后的水污染防治法还将重罚无证排污行为。如未依法取得排污许可证而排放污水，违法排污者将可能被责令改正或者责令限制生产、停产整治，并处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，甚至可能被责令停业、关闭。
污泥处理必须要符合国家标准
随着城镇污水集中处理率的不断提升，根据有关资料，我国现阶段每年产生市政污泥约为3000万吨-4000万吨,合理处置的污泥仅约为30%,大量污泥的不正常处置造成了较为严重的二次污染隐患。因此，修改后的水污染防治法对污泥处理作了明确要求。
修改后的水污染防治法规定，城镇污水集中处理设施的运营单位或者污泥处理处置单位应当安全处理处置污泥，保证处理处置后的污泥符合国家标准，并对污泥的去向等进行记录。并且规定，城镇污水集中处理设施的运营单位按照国家规定向排污者提供污水处理的有偿服务，收取污水处理费用，保证污水集中处理设施的正常运行。收取的污水处理费用应当用于城镇污水集中处理设施的建设运行和污泥处理处置，不得挪作他用。
因此，城镇污水处理厂运营单位及相关污水处理企业不仅要注意废水排放达标，还须对污水处理产生的污泥进行安全处置，如处理处置后的污泥不符合国家标准或者对污泥去向等未进行记录的，城镇排水主管部门可以责令限期采取治理措施，给予警告；造成严重后果的，可处十万元以上二十万元以下的罚款；逾期不采取治理措施的，城镇排水主管部门可以指定有治理能力的单位代为治理，所需费用由违法者承担。