无论是自用或公用保税仓库，所存放的都是保税货物，根据保税仓库管理办法的第二十九条未经海关批准，在保税仓库擅自存放非保税货物的，会被处于3万元以下的罚款。从此可见保税仓库是不能擅自存放非保税货物的。
那么如果不是擅自，而是主动向海关申请存放非保税货物是否可以呢。根据海关总署公告2016年第72号（关于海关特殊监管区域“仓储货物按状态分类监管”有关问题的公告）允许非保税货物以非报关方式进入海关特殊监管区域，与保税货物集拼、分拨后，实际离境出口或出区返回境内。也就是说只要提出申请就可以在保税仓库内存放非保税货物。
如果企业要经营非保税货物，可以经由特殊监管区域的管委会向海关提出申请。有一个前提条件，【适用“仓储货物按状态分类监管”制度的区内企业，应使用计算机仓储管理系统（wms）；应按照海关规定的认证方式与海关特殊监管区域信息化辅助管理系统联网，向海关报送能够满足监管要求的相关数据。】
同一个仓库同时存放保税和非保税货物，确实可以为企业节省成本。同样的只要享受了特殊的权利，就要承担同样的义务。2022年12月湖南某公用保税仓库企业，应其他企业和政府相关部门的要求，未向海关申请就在保税仓库内存放了约500万元的非保税货物。海关在例行核查中发现上述违规行为，对企业进行了处罚。