上海豫园生物工程有限公司成立于1998年9月，是一家集科研、开发、生产、销售于一体的微生物肥料农业高科技公司。公司最初由上海豫园（集团）有限公司与北京普瑞安生物技术有限公司合作组建，注册资本600万元，前期累计实际投入4000多万元。 2003年3月，公司进行了重组，并得到了农业部有关部门的大力支持，中国农业工程研究设计院等单位成为公司新股东。
公司产品的核心技术来源于中国农业科学院专家在总理基金的支持下所取得的研究成果：菌种分离和培养技术。公司依靠强大的技术实力，在1999年被国家计委列为微生物肥料行业中唯一的“国家农用肥料高技术产业化重大专项”，并取得国家计委的专项资金支持。公司先后投入大量资金对生产设备、工艺过程、制造方法、质量控制等方面的技术进行了研究并取得了巨大的成果。中国农业工程研究设计院等新股东的进入使得公司在资金投入、技术实力、研发背景、政府沟通等方面有了质的飞跃。重组后，公司先后与德国KUSS公司、加拿大新远东公司等国际一流公司结成了战略合作伙伴关系，引入了国际先进水平的基质发酵技术、发酵过程控制技术、发酵菌技术和有机质翻抛设备等。目前，公司能提供生物肥生产、工程设计、使用方法、配方施肥、试验示范、市场开发等方面的高水平、全过程服务。
2003年，公司与农业部南亚热带作物开发中心、中国热带农业科学院橡胶栽培所合作开发橡胶专用肥，并在云南、海南垦区应用，取得了非常理想的效果；目前，该专用肥项目在中国农垦经济发展中心的领导下，与云南、海南两大垦区紧密合作，经过两年多的示范推广工作，已经进入了较大规模应用阶段。
公司是目前国内同行业中唯一进行高浓度菌种粉商业化大规模生产的企业，菌种粉生产线和设备严格按照GMP标准设计和运行，采用同行业中唯一拥有的“空气封闭”式发酵工艺设备，有效地控制了空气中的杂菌，并对发酵生产进行全过程质量控制。公司拥有微生物肥制造生产，有机肥加工等方面的多项专利和相关一些专利的长期使用权，生产高浓度菌种粉、复合菌剂、新型生态叶面肥、无土栽培营养液、新型生态液体冲施肥及各种专用型复合微生物肥料。目前，农业部正在以公司菌种粉生产的工艺标准为基础着手制定微生物肥料菌种粉生产的行业标准。
公司的核心产品生产设备以及工艺的先进、管理和检验的严格在使公司系列产品质量达到国内一流标准的同时，也保证了所属特许加盟企业产品质量的稳定。公司通过ISO9001质量管理体系认证，更使公司的产品质量迈上了一个新的台阶。