一、协议专用章有法律效应吗
合同专用章具有法律效力。
在合同上加盖合同专用章是指合同当事人经过协商，在达成的书面合同上各自加盖本公司的合同专用印章的行为。对合同当事人而言，合同上加盖合同专用章，表明双方当事人对订立合同的要约、承诺阶段的完成和对双方权利、义务的最终确认，从而确定了合同经当事人双方协商而成立，并对当事人双方发生了法律效力，当事人应当基于合同的约定行使权利、履行义务。当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时成立。
合同专用章专门用于签订经济合同。合同专用章有圆形和椭圆形两种。
二、合同专用章需要备案吗
合同章需要备案。如果没有备案，是不能使用的。企业事业单位、民政部门登记的民间组织、村（居）民委员会和各协调机构及非常设机构需要刻制印章的，应当凭上级主管部门出具的刻制证明和单位成立的批准文本到所在地县级以上人民政府公安机关申请办理准刻手续。
三、合同专用章和公章的区别
1.使用范围不同
（1）公章适用范围广泛，涵盖合同章
（2）合同章只能在合同上有用，不能办其他事
2.执章人不同
（1）一般公章由公司的法定代表人执掌，法定代表人如果把法定代表人章与公章一同使用就代表公司行为
（2）合同专用章可由法人执掌，也可由专门的合同人员负责保管
3.管理部门不同
（1）公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门
（2）公章在所有印章中具有最高的效力，是法人权利的象征，在现行的立法和司法实践中，审查是否盖有法人公章成为判断民事活动是否成立和生效的重要标准。
4.权力和确认力不同
（1）公章在所有印章中具有最高的效力，是法人权利的象征。凡是以公司名义发出的信函、公文、合同、介绍信、证明或其他公司材料均可使用公章
（2）合同章是单位对外签订合同时使用，可以在签约的范围内代表单位，单位需承受由此导致的权利义务，公章可以代替合同专用章使用