国家生化工程技术研究中心依托南京工业大学，以基因工程、酶、蛋白质工程、细胞工程及发酵工程等生物技术为主的生化工程领域的科学研究、研究成果的工程化、产业化开发。
中心以南京工业大学国家重点学科、省重中之重学科中的生物化工学科为技术支撑，在南京工业大学江浦校区建设有10000m2建筑面积、1600万固定资产、生化单元操作齐备的南京生化工程技术研究中心中试、生产基地。该基地有极强的进行生物技术成果工程化研究、开发能力，该学科已产业化的及获奖的10余个中试项目均是在这些装置上成功地进行工程化、产业化开发的成果。
中心拥有过程放大实验室，它由2~50L计算机控制的系列生物反应器等以及从菌体培养直至浓缩、分离、干燥、冻干等完备的中、小型单元操作装备组成，可进行实验室成果在进行中试前的放大试验，也可进行高附加值精细化学品、药物的商品生产。
中心的“化学生物学技术重点实验室”包括了仪器装备先进的基因工程、工业微生物、酶工程、生物物理（等离子注射等）、食品工程、分离工程以及现代仪器分析等实验室。现代仪器分析实验室装备了国内最先进的LC/MS/MS系统、全自动多肽合成仪、基因解析软件、蛋白解析仪和平行计算系统等。