新疆锦棉棉业股份有限公司由新疆生产建设兵团农七师棉麻公司作为主发起人，联合10家单位于2002年12月27日注册成立，注册资本为15000万元。其中：农七师棉麻公司以国有资产出资38.25%（由国有资产管理局出资）为第一大股东。
公司形成优质棉种培育、籽棉收购、皮棉加工、棉花、棉副产品经营为一体化的股份制经营格局，被国家认定为全国农业产业龙头企业。目前公司依托奎屯、乌苏、沙湾等周边地区300万亩优质棉基地，年经营皮棉15万吨，拥有七师11个棉花加工厂，在南北疆扩大对外投资规模，并购了呼图壁、昌吉、克拉玛依、库尔勒、阿克苏等地7个轧花厂，经营“锦”牌棉花及师外棉花、棉副产品、棉种等项目。公司具国家标准级棉花检验室和世界先进的HVI棉纤维检测仪，客观、公正、及时、准确的检验棉花，建立了科学的计算机网络化业务管理系统，拥有自己的棉花储运库和铁路专运站，仓储设施齐全，运输便利。
公司产品“锦”牌棉花销往全国20多个省市自治区和日本、韩国、香港、台湾、东南亚等国家和地区，在国内外建立了稳定的销售网络。产品商标“锦”牌于1999年由第一发起人单位农七师棉麻公司注册成功，2000年—2003年“锦”牌棉花连续4年荣获“全国十大知名品牌棉花”、“全国知名品牌棉花第一名”和“全国知名品牌棉花展示会金奖”的美誉；2001年经无形资产评估“锦”牌无形资产价值6.18亿元。