虽然不同的生物质燃料之间存在一定差别，但不论何种生物质燃料都比传统的矿物燃料（汽油和柴油等）更高 效更清洁，有利于去减缓气候变化。
生物多样性方面
生物质燃料可能带来的问题大规模使用生物质燃料也有可能带来使农业及生态遭受重大影响的风险。能源作物种植渗入自然景观这一后果显然将导致栖息地破坏和割裂，从而直接的造成生物的多样性的丧失。若生物质的种植和管理过程中采用不可持续的农业做法（如果过度使用化肥可能造成土壤流失或板结），则可以进一步造成生物多样性丧失。
耕地方面
可用于能源生物质种植的土地面积是有限的，能源生物质种植可能同现有的农用土地构成竞争。联合国在《可持续能源：决策者框架》报告指出，生物质燃料的生产会通过占用土地和其他所需资源，进而影响粮食足量供给，而且那些生产生物质燃料的农作物往往需要好的土地、大量水资源和化学肥料。
粮食生产方面
用麻疯树（又名桐油树）可用于生产生物质燃料，这些作物可生长在不适于粮食作物生长的荒地、几乎不需施肥，其种子亦不可食用，对粮食生产影响更小。但有科学家认为：有些第三世界国 家的农民，可能会为了赚钱，而把原本用来生产粮食作物的土地，拿来种植能
源作物，其发展有减少粮食生产的危险性。
全球粮食储备已从2010年的1.75亿吨下降到目前的1亿吨。另一方面，生物质燃料每年却要“吃掉”1.5亿吨粮食。如果停止其生产，全球就有足够的粮食储备，粮价也不会暴涨。
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