亚麻籽含蛋白质一般在10%~30%。亚麻籽中的蛋白质除了赖氨酸含量较低外，富含其他各种氨基酸。dev等人研究发现，与大豆相比，亚麻籽中含有更多的天门冬氨酸、谷氨酸、亮氨酸和精氨酸。他们还发现ph值、亚麻籽粕与溶剂的比例、溶剂的组成、盐的浓度、热处理等都影响脱脂亚麻粕中氮的提取。sosulski等人对从脱脂麻籽粉中提取的氨在不同溶剂中的溶解性进行研究发现，有42％～52％是水溶性的、34％～47％可溶于5％nacl、1％～2％可溶于70％的乙醇，3％～3.5％ 可溶于0.2％naoh。亚麻籽中的蛋白质主要由12s组分组成，它含3％α—螺旋，17％β—折叠，80％的自由转折，另外还含一定量的2s组分。
由于亚麻籽壳中富含多糖胶，能妨碍蛋白质的沉淀和分离，因此采取碱提、酸沉、分离及干燥的工艺过程提取牙买这种的蛋白质是不可行的，为了克服这个问题，smith等人采用筛分和风选的方法除掉壳可改进蛋白质的提取。
dev和quensel证实，与大豆蛋白相比，亚麻蛋白产品显示了更好的持水性、乳化性。亚麻蛋白的乳化性具有ph值依赖性，并受nacl的强烈影响。亚麻蛋白也显示了较好的起泡性，nacl能增加亚麻蛋白的泡沫稳定性。亚麻蛋白比大豆蛋白有更强的亲油性，其亲油性受蛋白中多糖胶存在的影响。亚麻籽胶能提高亚麻蛋白制品的黏度、持水性、乳化性和起泡性。热处理后的亚麻蛋白能明显提高持水性，但降低了产品的吸油性、氮溶性、起泡性和乳化性。